Ｑ．どういう状態の絵を、どういう線画にしたいですか？
この点はコピー機と同じように考えて、取り込む濃さを調整しましょお。
しっかりペン入れしているなら、やや薄目に。
鉛筆で薄い線を、ペンの線みたいにしたいというなら、濃い目に。
ただしあまり濃くしすぎると、果てしなくゴミも取り込みまくりますんでご注意を。(^◇^;)

まずは基準にする絵を描き、パソのスキャン画面に画像のプレビューを表示させてみましょー。
機種によって名称は違うと思いますが、設定の『トーンカーブ』『ガンマ値』などを色々いじってみてください。（笑）
『ゴミ取り』機能があったら、必ず入れてね♪
設定変えて何回か実際にスキャンしてみて、自分の気に入るパターンを探しましょう。
面倒なのはその回だけ。（笑）
あとは、設定保存出来るならして、出来ないなら＿〆(。。)って、絵によって微調整しながら使い回せばよいのです♪

← Ex. ORINのスキャナの画面。
この他に、ガンマ値を調整してます♪